時は2020年に入り、長年にわたる地球人とゼントラーディの戦いは終わった。リック・カーター（声：リック・ハンター）率いる遠征軍が集結し、バトルフォートレス3（SDF-3）が完成し、新たな時代が到来する。しかし、遠征軍の計画は地球上のほぼ全ての兵器を奪うという困難なものであったため、軍内では多くの軋轢が生じた。さらに、リックは個人的な問題に直面することになります。彼は戦争パートナーのリサ（メラニー・マックィーンの声）との結婚式場に入ろうとしており、ミンメイとの愛も終わりを迎えることになる。一方、ゼントラーディの反乱と敗北により、ロボット支配者たちはティロスを離れ地球へ向かった。その頃、リージェント率いるインビッド艦隊がフラワー・オブ・ライフを目指して惑星ティロに侵攻していた。リーゼントの無謀な行動に不満を抱いたレジスは、リーゼントを放っておいて単独で行動することを決意し、新たな時代の戦争が始まった… 本作は劇場版「バトルフォートレス」の後編。