基地に取材に来た戦闘機パイロット・羽南裕一（CV.加瀬亮）を待っていたのは、全く新しい生活環境と慣れ親しんだ飛行戦闘だった。ここで阪南雄一は様々な戦友、そして笑顔のない司令官草薙水奏（声：菊地凛子）と出会う。阪南雄一は新しい戦闘機を受け取ったが、基地の仲間たちは戦闘機の元パイロットについて沈黙を保っていた。そこで阪南優は関連ニュースに注目し始めたが、徐々に前の運転手が亡くなったこと、そしてこの事件自体が草薙水野と大きな関係があることを知った。捜査が深まるにつれ、阪南雄一は徐々に衝撃の真実を知ることになるが、敵との日々の戦いには彼の知らない意味が隠されているようだ。