九ノ瀬重太（CV：村瀬歩）は、一見普通の中学生だが、実は他人には聞こえない音がよく聞こえてしまうという、とても苦手な性格をしている。そして自尊心の低さ。ある日、ジュタは突然、宇宙刑事エルドライブの隊員に選ばれたと告げられる。実は人類の間には多くの宇宙人が潜んでいる、宇宙探偵団は宇宙と人類のバランスを保つために設立された組織である。こうして目立たなかった周泰が重責を担うことになり、宇宙の共生者ドール（CV：釘宮理恵）が相棒となった。高飛車で負けず嫌いなベロニカ（CV：飯田里穂）、大人っぽくしっかり者でちょっと内気なニノチカ（CV：Lynn）、そして愛らしい彼女たちがジュタとともに正義のために立ち上がる。