舞台となるのは理性を象徴する「青の世界」だが、本能が支配する「赤の世界」から生命体ナイトフライ・オノートが襲来し侵攻しつつある。 17歳の主人公・エフェドラ・アキラは、蒼の世界の研究員として採用されたが、その後、その卓越した能力により前線戦闘指揮官に昇進し、結成された対相防衛組織の責任者となる。石垣島と西表島にまたがる、通称「琉球LAG」。そこで彼女は、4年前に激戦で壊滅した第5戦闘部隊を受けて創設された第6戦闘部隊「IS」の生徒たちと出会う。主人公は教官として、「スカーレッドライダーゼクス」こと6人のライダー（ライダー）を率いて、異世界からの攻撃や脅威に対抗するため、血みどろの戦いを繰り広げていく。そんな生活の中で、二人の友情は徐々に深まっていく。