慶応三年、幕末の激動の時代。徳川将軍の大権の復活により、江戸幕府は崩壊の危機に瀕し、幕府と佐幕派の対立はますます激化した。油小路事件で近藤勇と土方歳三率いる新選組は多大な損害を被ったが、それでも慶喜への忠誠を決意した。このとき、天皇は薩摩藩と長州藩に密勅を発し、さらに大政奉還の大命令を出しました。朝廷は幕末を宣言した。この約束を祝って大阪に移り、新選組は浪士集団ではなく幕府として再び戦争に備え、伏見政庁に屯所を移した。新選組隊士・市村鉄之助は、昔から仲の良かった少女・小夜への憧れを胸に、友人の隊医・山崎博や兄・辰之助らとともに副長・土方歳三を名乗る。 、共に新選組の一員としての運命に立ち向かう準備をするが 。武士を志して京に出た若者たちは、栄光の帰国を目指して戦いに身を投じる。たとえそれが最後には悲しい別れだったとしても。