これはSFアクション映画です。未来のある日、スカイキャプテンのパイロット、ジョセフ・サリバン（ジュード・ロウ）が救難信号を受信し、救援に来た。激しい戦闘の後、ニューヨークは一時的な平和をもたらした。この戦いで、彼は昔の恋人で記者のポリー（グウィネス・パルトロウ）に出会い、救った。ポリーが調査していた事件がこの襲撃事件と密接に関係しており、その背後には巨大な陰謀があったことが判明する。来たるべき激しい戦争に備え、世界を守るため、彼らは海軍女性機動部隊の隊長フランキー・クック（アンジェリーナ・ジョリー）と技術専門家のダックス（ジョバンニ・リビシ）に助けを求めた。正義と悪の闘いが始まる…。