2285年、カーンとの戦いで損傷した連邦の宇宙船エンタープライズは修理のため地球の宇宙港に帰還した。カークは未だにスポックの死を悲しんでいる。マッコイ博士は、許可なく封鎖されていたスポックの本来の小屋に侵入したり、意味のない話をしたりするなど、さまざまな異常行動を示し、最終的には精神検査のために病院に送られました。スコッティは連邦の宇宙船エッセンスに配属された。宇宙艦隊司令部は、新設されたジェネシス・スターに進入禁止命令を出した。カークはエンタープライズ号がもうすぐ退役することを知らされた。スポックの父サレクはカークを見つけ、スポックの遺体をバルカンに返さなければ彼の魂は安らかに眠れないと告げた。サレクはカークにジェネシスに戻り、スポックの棺を回収してバルカンに持ち帰らなければならないと要求する。そしてスポックは死ぬ前にマッコイと心を融合させたので、元気いっぱいのマッコイもバルカンに運ばなければならない。しかし、宇宙艦隊は時代遅れのエンタープライズを宇宙港から出港させることを拒否した。病院から出てその知らせを聞いたマッコイは、ジェネシス・スターに戻るための宇宙船を募集しようとした。彼は口論中に逮捕されたが、計画全体には影響しなかった。マッコイはカーク、スコット、スールー、ウフーラ、チェコフの助けで逃亡に成功し、放棄されたエンタープライズ号に乗り込んだ。スコッティは追撃を逃れるためエクセルシオールのエンジンも破壊した。 6 人のパートナーが自分たちの生涯の仕事を台無しにする危険を冒して、エンタープライズ号をジェネシス スターに向けて操縦しました。この期間中に、クリンゴン人はジェネシス プロジェクトとジェネシス スターについて学びました。連邦がそれを新しい兵器に改造することを懸念したクルーガー大尉は、クリンゴンのラプター戦艦を率いてこの戦略兵器を捕獲または破壊しました。連邦宇宙船グレイソン号では、デビッド・マーカス博士とソーイック船長がジェネシス星の軌道で科学観測を行っていた。すぐに彼らは地上で生命体を発見し、好奇心に駆られて惑星の表面にテレポートし、スポックの空の棺を発見しました。生命体の読み取りを行った結果、彼らは若いスポックの生きた体を発見しました。非常に急速に成長していますが、意識も魂もありません。この時、クリンゴン人も惑星ジェネシスに到着し、グレイソンを破壊し、ソーウィック、マーカス、若いスポックを人質として捕らえた。しばらくして、エンタープライズ号もムタラ宙域に到着したが、すぐにクルーガーとクリンゴン戦士の一団によって麻痺させられた。クリンゴン人が人質の命を奪うと脅迫したため、カークは状況を掌握しようと策略を講じたが失敗した。デビッド・マーカスは後にクリンゴンによって殺害された。他に選択肢がなかったので、カークはクリンゴンに降伏しました。優位を取り戻すため、カークは命を賭してエンタープライズ号の自爆プログラムを起動した。その後、エンタープライズの乗組員はジェネシス・スターにテレポートし、クルーガーの戦士のほとんどを連れて明るい光の中でエンタープライズが破壊されるのを目撃した。最終的にカークはチームとともにスポックとサビックをクリンゴンから救出し、一対一の戦いでクルーガーを殺害した。ジェネシス・スターの独特な力により、スポックの体はジェネシス・スターの老化とともに生まれ変わり、急速に成長した。不安定なジェネシスを去ったとき、スポックはちょうど死の直前の年齢に達していた。捕らえられたラプターに乗り込むと、ジェネシススターが激しく爆発し始めた。サレクの保護のもと、ラプターはバルカンに到着した。危険な「ファトゥバン」の儀式を受けた後、スポックの魂はマッコイの意識を離れ、彼の体に戻った。最終的に儀式は成功し、復活したスポックは過去や友人たちを思い出し始めた。彼はエンタープライズ号の乗組員たちに、なぜ自分を救出するために命を危険にさらし、キャリアを台無しにしたのかと尋ねると、カークは「より大きな自己を満たすためには小さな自己を犠牲にする」ことも時には必要だと語った。