今シーズンも物語は5人の主人公を中心に展開します。 9年間愛し合ってきたマシュー（ジェイソン・シーゲル）とリリー（アリソン・ハニガン）は、結婚式の準備に追われ、いよいよ結婚を決意した矢先、花嫁のリリーが突然家出してしまう。マシューは何も言わずに一人で美術を勉強するためにサンフランシスコへ行ったので、結婚式をキャンセルしなければならなかった。 3か月後、リリーはニューヨークに戻り、マシューと和解したいと考えていましたが、傷心のマシューはリリーを許すでしょうか？一方、互いに想い合うテッド（ジョシュ・ラドナー）とロビン（コビー・スマルダーズ）は、様々な出来事や紆余曲折を経て、ようやくお互いの本当の気持ちを理解し、ある決意をする。一緒に。プレイボーイのバーニー (ニール・パトリック・ハリス) はまだ独身生活を楽しんでいますが、他の点では謎が多く、テッドと他の 4 人はバーニーのことを実際には知らないことに気づき、誰もがバーニーに興味を持ち始めます。