西暦 794 年、日本の桓武天皇の時代、京都の長岡は弟のサラダ親王の怨霊によって呪われ、天災と人災が絶え間なく発生しました。桓武天皇は平安京に都を移し、400年にわたる平安時代が始まりました。当時は権力者の内紛が激しく、人々の生活は悲惨で、その結果、世界には怨霊が数多く存在し、人々と幽霊と怪物が息をひそめて暮らしていた。以来、宮廷陰陽師に所属する陰陽師たちは、天と地、人、妖の矛盾を調和させる存在として歴史の舞台で活躍してきたが、その中でも最も輝かしいのが、その人生経験を持つ安倍晴明（演：野村萬斎）である。謎。安倍晴明の訪問を依頼された右近衛中将源坊屋（伊藤英明）は、そこで目撃した異様な光景と晴明の人柄に深く感銘を受け、晴明も坊やの清廉な人柄に惹かれていく。物語は、二人が運命的に出会い、大切な友情を育んだところから始まります。最近、宮殿で奇妙な出来事が頻繁に起こっている。左大臣藤原志輔の娘が篤親王を生んだが、その子には呪いがあった。晴明はミジュ（今井絵理子）と謎の女チンイン（小泉今日子）をスカウトし、ボヤと協力して呪いを解くが、彼らはハメられてしまう。すべては陰陽道尊（真田広之）の仕業だったことが判明。左右大臣の対立や側室間の寵愛争いに乗じてトラブルが多発し、さらに150年前の最強の怨霊・ザヤラ皇子を召喚して平安京を徹底的に転覆させようとしていた…。この映画は、夢枕バクの小説「陰陽師」シリーズが原作です。