物語は 2029 年に起こります。当時、X-MEN はすでに解散しており、わずかに残ったミュータントとして、ウルヴァリン ローガン (ヒュー ジャックマン演じる) とキャリバン (スティーブン モルチャン演じるスティーブン マーチャント) が年老いたプロフェッサー X の世話をします。パトリック・スチュワートが演じる） 老化により、教授は取り返しのつかない災害を引き起こします。それだけでなく、ウルヴァリンの自己治癒能力は時間の経過とともに徐々に弱まり、彼の体力と力はもはや以前のものではありません。ある日、見知らぬ女性がウルヴァリンを見つけ、ローラ（ダフネ・キーン）という少女を託し、ローラをカナダ国境にある「エデンの園」に送ってほしいと頼んだ。ローガンが予期していなかったのは、ローラが実際には彼女自身の遺伝子を移植して培養された人工ミュータントであったということでした。伝説のエデンの園には、ローラと同じような境遇にある子供たちのグループがいたのです。ボイド・ホルブルック演じる邪悪なドナルドは、ローガンとその一行の痕跡を徹底的に追跡します。彼の目標はただ 1 つ、それは人工ミュータントのグループを完全に破壊することです。