高校生の七草ら2000人は、気がつくと「階段島」と呼ばれる島に置き去りにされ、全員が島に辿り着くまでの記憶を全て失っていた。階段島には島を貫き高い山へと続く長い階段があり、この山には島を治める魔女が住んでいると言われている。島を出る唯一の方法は、なくしたものを見つけることだ。しかし、Qicao はここを離れたくなく、ここでの生活が気に入っています。ある日、七草の幼なじみの遊び仲間・間部優が現れ、七草の生活は一変する。なぜ間部優のような明るい人が見捨てられるのでしょうか？これらの不可解な出来事の背後にある魔女は誰ですか？二人は一歩ずつステップアイランドの真実を探り始めた…。