ゴッサム・シティの闇の勢力が再び動き出す準備が整いました。今度は顔の半分を破壊した「トゥーフェイス」（トミー・リー・ジョーンズ）です。かつて「トゥーフェイス」がサーカスを襲ったが、俳優ディック（クリス・オドネル）は「トゥーフェイス」の陰謀を阻止したが、家族は惨殺された。ブルース（ヴァル・キルマー）はディックを引き取り、憎むべきディックに残るよう説得した。研究計画が却下され、ウェッブを憎む会社員のエドワード（ジム・キャリー）は、脳波吸収装置の開発に成功し、“リドラー”となる。 「トゥーフェイス」と「リドラー」は協力してゴッサムシティを破壊し、脳波吸収装置を通じて大量の市民の脳波を吸収した。今回のバットマンの敵は恐ろしいほど強力であり、バットマンはついに悪を倒すことができるでしょうか？