サノスとの壮大な戦争の後、地球は当面は平和を取り戻したように見えます。ピーター（トム・ホランド）はキャンパスライフに戻り、友達と楽しくおしゃべりし、好きな女の子もいるが、心の奥底ではアイアンマンの思い出を捨てられずにいた。ヨーロッパ留学中のピーターは、セクシーな女の子ミシェル（ゼンデイヤ）に告白のチャンスを掴もうとしたが、予期せず次々と現れたエレメンタル・モンスターによって告白計画は妨害される。その過程で、SHIELDに協力する謎のゲスト（ジェイク・ギレンホール）が怪物と戦うために名乗り出た。責任に圧倒されたピットはニック・フューリー（サミュエル・L・ジャクソン）を拒否し、アイアンマンの後継者の責任を謎のゲストに引き継ぐことを選んだ。予想外だったのは、さらに恐ろしい危機が次々と襲いかかることだった……。