謎の現象により全人類が一瞬にして石化されてから数千年が経ち、超人的な頭脳と天性の才能を持つ科学少年・千空が目覚めた。文明が滅んだ石の世界で、クアンゾラは科学の力で全世界を復興するという究極の目標を掲げ、新たなパートナーの力を結集して「科学王国」を建設する。しかし、霊長類最強の高校生、獅子王寺率いる「武装帝国」も一歩ずつ苦戦。人類の浄化を目指す師団は、強大な力を行使して科学の発展を阻止しようとしている。科学vs力の戦いの激戦の末、千空ら科学王国が優勢となり、ついに両国は和解した。仲間たちの反乱によりツカサはコールドスリープ中 全人類復活のため、石化した光の根源である地球裏側の新世界を狙う！世界に飛び出し、石化の謎を解き明かせ！いよいよ石界の大航海時代が始まる——‼