今シーズンもテッドと他の5人を中心に物語が展開します。時は流れ、2009年、長年愛し合ってきたマシュー（ジェイソン・シーゲル）とリリー（アリソン・ハニガン）は結婚後、新しいアパートに引っ越し、幸せで甘い日々を送っていた。彼らの親友テッド（ジョシュ・ラドナー）は、昨シーズンに何度も壁にぶつかった後、建築家になることを諦め、大学教授になることを決意すると同時に、自分自身を見つけようとしていた。愛。一方、共通の友人であるバーニー（ニール・パトリック・ハリス）とロビン（コビー・スマルダーズ）は、1年間の感情的な葛藤と葛藤を経て、ついに心を一つにしました。リリーはこれにとても満足していましたが、バーニーとロビンはお互いの関係をどう位置づけるかに苦労していました。友人3人の協力を得て、彼氏と彼女の関係を見極めることができるのか？