Xファイルが閉鎖された後、モルダー（デヴィッド・ドゥカブニー）とスカリー（ジリアン・アンダーソン）は別居した。モルダーは監視活動を命じられ、スカリーは勉強するためにアカデミーに戻った。ある日、マットソン議員（レイモンド・J・バリー演じる）が、プエルトリコで宇宙人からのメッセージを受信したというニュースをモルダーに明かした。特殊部隊よりも先にエイリアンの証拠を見つけるため、モルダーは単身赴任した。その知らせを知ったスカリーはモルダー邸に急行し、コンピューターの乗客名簿から手がかりを見つけてプエルトリコまで追いかけた。プエルトリコのアレシボで、モルダーは地元の人に出会い、エイリアンの絵をもらいました。しかし、その男は間もなく謎の死を遂げた。モルダーはついに宇宙人の訪問の証拠を見つけることができるでしょうか？