警視庁特殊部隊（SIT）分隊長の瀬文剣龍（加瀬亮）は、任務中に隊員の謎の死に遭遇し、上層部を前に説明ができず、やがて第5係に異動することになる。公安省未詳事件捜査課。もちろん、いわゆる「科学的で豊かな」現代社会においては、第五課は認知されにくい辺境の部署でもある。瀬文を除く5組には、やんちゃな上司・野々村光太郎と、IQ201の不思議少女・冬馬紗彩（戸田恵梨香）しかいない。この時代には、預言者や神の手など、超能力（SPEC）を持った様々なキャラクターが次々と登場しました。冬馬とともに事件を解決していくうちに、聖文は陰謀と秘密に満ちた知られざる未知の世界へと徐々に近づいていく…。