中学3年生の15歳の平凡な少女・日暮かごめは、ある日、実家の神社の枯れ井戸から500年前の戦国時代にタイムスリップしてしまう。当時は辺り一面煙が立ち込め、魔物が跋扈し、世界のあらゆる生物は荒廃していた。かごめは神樹で封印された半妖の犬夜叉と出会う。 50年前、本物の妖怪になりたかった犬夜叉は、四魂の翡翠を手に入れるために強力な霊魔女・桔梗と出会った。しばらく仲良くなってから、二人の間に感情が芽生えました。そのため犬夜叉は人間になることを望み、桔梗も四魂の玉を浄化した後は普通の生活に戻ることを計画している。しかし、桔梗に邪悪な思いを抱いた盗賊・幽霊蜘蛛は、その魂と肉体を化け物に捧げ、邪悪な半妖・奈落として転生した。彼の扇動によって犬夜叉はキキョウによって神木に封印され、重傷を負ったキキョウも悲しみと絶望の中で息を引き取った。桔梗の生まれ変わりかごめは犬夜叉を救出するが、誤って四魂の玉を打ち砕いてしまう。その欠片を取り戻すために、彼女と犬夜叉、そして後に出会ったパートナーである七宝、弥勒、珊瑚は困難と障害に満ちた旅に出ることになる…。