『機動戦士ガンダムSEED』シリーズが再始動。今回は、おなじみのキラ（CV：保志総一朗）やアスラン（CV：石田彰）らに加え、新キャラクターも多数登場します。物語も複雑になり、紛争は激化し、戦争はエスカレートしていきます。西暦70年2月、地球連合とザフトでは「血塗られたバレンタインデー」事件による放射能の影響がまだ続いていた。二人は何度か衝突を起こし、多くの罪のない人々を傷つけた。紀元71年6月、地球連合軍は条約に関係なく実際に中立国オーブ連合首長国への侵攻を開始した。そのせいで少年マ・アスカ（声：鈴村健一）は、目の前で肉親を一瞬にして失ってしまった。この事件はアスカにとって大きな衝撃となり、屈託のない平凡な少年だったアスカはザフトへの入団を決意する。ザフト入隊後、フェイニャオは多くの挫折や浮き沈みに遭遇し、また人間の残酷さと無力さを目の当たりにした。最も深刻な状況は、家族の旅立ちの影が常に彼の心を覆っていたことだった。ザフトではフェイニャオの成長が正式に始まった。彼はキラやアスランたちとどのような交差点を迎えるのでしょうか？