「ドクター 2」の最終章では、前章のプロットが引き継がれ、歴史は依然として秩序ある方向に進んでおり、さらにおなじみの歴史上の人物が登場します。大沢たかお演じる南方仁は医師として江戸時代を生き抜き、彼が開いた診療所「仁陽堂」も軌道に乗っていた。ある日、立花咲（綾瀬はるか）の母親が当時流行していた脚気を患っていることを知り、脚気を治すお菓子を作って普及させようと決意する。同じ頃、仁の前に坂本龍馬（内野紗陽）が現れ、助けを求める。勝海舟の主君・佐久間象山を救うため、龍馬を追って京都へ赴いた仁は、思いがけず佐久間象山の口から衝撃の過去を知る…。 禁門の変により京都は荒廃し、本来は人々を救うために残された仁が連れてこられる。そこで薩摩藩が西郷隆盛を救出した。その後、坂本龍馬は西郷隆盛と長州藩を結集させて薩長同盟を推進しました。幕末の日本情勢の急激かつ劇的な変化を経験した仁は、この時代における自分の重要性を改めて認識した。遠くない将来、新たな人生を模索する野風（中谷美紀）との再会もあり、前編で彼らにまつわる謎も一つずつ解けていく。