暗い20世紀半ば、日本の一般家庭に生まれた杉原千畝（唐沢寿明）は、優れた語学力と情報分析能力を買われて外務省に入省し、任務に就く。傀儡満州国の外務省。彼は仕事でその力を十分に発揮し、ソ連から「ペルソナ・ノン・グラータ」と評価された。 1939年、杉原千畝はヨーロッパ列強の動向を随時監視するためリトアニア大使館を訪れた。それから間もなく、ドイツはポーランドに対して露骨な雷攻撃を開始し、壊滅的で広範囲にわたる第二次世界大戦が始まりました。残忍な民族浄化の結果、何千人ものユダヤ人が難民になりました。彼らは老人も若者もサポートし、生き残れる可能性のあるわずかな可能性をすべて探しています。最終的に彼らはリトアニアの日本大使館に群がり、杉原千畝に逃亡のための通過ビザの発行を懇願した。ドイツとの同盟を強いられた日本は難民申請を拒否した。国益と人間性の交差点に立った杉原千畝は、重大な決断を下した…。