2002年、日本で奇妙な失踪事件が多発した。記者の木戸真司は、その捜査のため、被害者の一人、榊原宏一の家を訪れた。その力は仮面ライダー龍騎となり、もう一人のライダーである秋山蓮（仮面ライダーナイト）と神崎士郎の妹・神崎唯と出会う。シンジのライダーとしての目的は人間を守り、ライダー同士の争いを防ぐことだが、逆に戦いを好まないレンは恋人を救うために他のライダーと戦うことになる。ライダー達の戦いは徐々に激しさを増し、必死に止めようとするシンジだったが、それでも次々と犠牲者が出てしまう。ライダー同士の戦いが佳境に入ったその時、シンジは突如、神崎士郎がユイを救うためにライダー同士の戦いを始めた理由を知る。ユイは幼い頃に亡くなっていたことが判明し、今ではユイの命は鏡の世界でユイから与えられており、その命は20歳で使い果たされ、ユイは消滅してしまう。そのことを以前から知っていた神崎士郎は、最後のライダーの命をユイに捧げたいと考え、ライダー同士の戦いを開始した。ユイを救う唯一の方法は戦うことだと知っているシンジは、戦いを阻止するかユイを救うかの選択を迫られる。一方、兄の目的を知ったユイは、戦いを阻止するために新たな命を捨てる覚悟で神崎士郎の前から姿を消した。ユイの影響で人類を守るために戦い続けることを決意したシンジは、不幸にも少女をかばって怪物に襲われ死亡してしまう。最後のライダーとなったリアンは恋人の蘇生に成功するも重傷を負い死亡。戦いの後、神崎士郎は過去に戻り、再びライダー同士の戦いを仕掛けたが、ユイによって阻止された。結局、神崎士郎は過去に戻り、ライダー同士の戦いはなくなり、みんな普通の生活を送り、ユイも幼い頃に死んでしまいました。