闇夜、密かに日本の警察庁にスパイが忍び込み、各国情報機関の重要データを記録した極秘データを盗んだ。日本の警察とFBI捜査官の赤井秀一（声：池田秀一）は直ちにスパイの追跡を開始した。ついに逃走者の車は崖から転落した。翌日、東都水族館へ観光に行ったコナン（CV：高山みなみ）たちは、怪我をした美女（CV：天海祐希）を発見。女性は記憶喪失状態にあり、携帯電話は破損し使用不能となった。コナンたちが記憶を取り戻す手助けをすると約束する中、闇に潜む黒の組織の一員、ベルモッド（声・小山ママ）はその様子を冷ややかに見ていた。仲良くなるうちに、その女性の並外れたスキルと奇妙な言動に、灰原藍（声：林原絵美）は彼女の正体を疑う。先ほどまで平和な水族館で幸せに浸っていた人々は、謎の女のスキルの回復により、やがて闇の組織の殺戮と混乱に巻き込まれることになると思っていただろう…。