タイイーたちがデジタルワールドに別れを告げた後も、デジタルワールドは人類に扉を閉ざすことはなかったが、再び紛争が始まるまでデジタルワールド内はあまり平和ではなかった。デジタル世界では、デジタル世界と人間世界の平和を維持するために、選ばれた子供たちのグループが緊急に必要とされています。タイイー、アヘ、ソーナらは次々と中学生になり、デジモンたちと共闘する気力も時間もなくなってきて、新世代のリーダーとなったのはアウーとシャオグァンだけ。選ばれた子供たちには、本宮大介（CV：木内玲子）、井上京（CV：夏木涼）、飛騨伊織（CV：夏木めぐみ）らのほか、アグモンやガブモンらも加わり、彼らと戦うことになる。新たなデジモンも参戦。そこで、初代デジタルピープルの指導のもと、新たなデジモンとガーディアンズが悪の勢力との戦いを始めた…。