ある日、風邪で自宅で休んでいたコナンのもとに、灰原哀から電話がかかってきた。灰原がAPTX-4869に対する最新の解毒剤を作ったことが判明したが、それは試作品に過ぎなかったが、工藤新一の正体を取り戻すことを決意したコナンは待ちきれずに阿笠博士の研究室へ向かう。薬を飲んでようやく元の状態に戻った新一だったが、医院の庭の木々は高く育ち、新しい建物がたくさん建ち、体育の先生も高齢になり、クラスメイト全員が変わったように見えた。元太も光彦も歩実も高校生に見える見慣れない顔だった。同じく高校生になったフイ・ユアンさんを見つけ、彼が10年前から解毒剤を服用していて薬物耐性ができ、元の状態に戻れなくなっていることを知った。過去5年間。行方不明になったコナンは周囲の変化を無力に見守っていたが、さらに衝撃を受けたのは、シャオランが行方不明の新一を諦めて新しい先生と結婚する決意をしたことだった。二人の恋も夢、なぜ終わるのか…。