未来のとある年の7月2日、全米の監視基地が直径数百マイルの巨大な宇宙船が地球に接近しているのを発見した。宇宙船が発した無線信号は地球の通信衛星信号に干渉し、直径15マイルのいくつかの亜宇宙船が地球上の主要都市上空を飛行するために放出された。エイリアンの宇宙船の敵も味方も不明で、人々はパニックと混乱に陥ります。コンピュータエンジニアのデヴィッド（ジェフ・ゴールドブラム）は、宇宙人が送信した無線信号を解読したが、それは実際には攻撃のカウントダウン信号であり、なんとか元妻で大統領補佐官のコニーに通報できたが、時すでに遅しだった。 、異星人の宇宙船が地球を攻撃し始め、人類文明はたちまち大打撃と災害に見舞われた。ビル・プルマン演じる大統領らは軍事基地に避難し、空軍に反撃を命じたが、卵で石を打つようなもので、パイロットのスティーブンだけが破壊された。ウィル・スミスが演じる）はなんとかエイリアンの戦闘飛行船を誘い出すことに成功した。生存者たちは秘密軍事基地に逃げ、そこで科学者たちは50年以上前に墜落したエイリアンの飛行船を研究しており、エイリアンに対処する方法を見つけることに尽力している。それは人類の最後の希望でもある…。