毎年恒例の中国のバレンタインデーが近づいているが、東京・神奈・静岡・長野などで6件の連続殺人事件が発生し、被害者の周囲には麻雀牌に残された7つの筒と奇妙なヒントが残されていた。事件の規模が大きかったため、警視庁の対策本部には各署の刑事が集まり、一緒に事件を捜査することになったが、コナンは密かに会議の内容を聞いていた。会合後、コナンは群馬県警察署の山村曹が歌う童謡を耳にし、黒の組織のメンバーが警察に潜入していることを発見した。包囲網の最中、コナンは人質を装ったベルモットと出会い、最近の連続殺人事件が組織内部の情報が記録されたメモリーカードに関係していることを知る。時を同じくして、警察に潜入したスパイによって工藤新一の指紋が盗まれ、コナンの正体が明らかになり、コナンとその周囲の人々に大きな危険が迫っていた…。