物語の舞台は朱丘中学校3年E組。 表面上は普通のクラスだが、実はここに集まっているのは凄腕の冷酷な殺し屋ばかり。毎年、国家元首の「問題解決」を目的とした暗殺任務が世界中から届くが、今回は校長の殺せんせー（声：福山潤）を暗殺するという共通の目的がある。殺せんせーは人間には見えない魔法の存在ですが、非常に敏感な神経と非常に速い反射神経を持っています。それがどこから来たのか、そしてなぜ3年Eになったのか誰も知りません。 。殺せんせーは地球を滅ぼそうとしたため、暗殺リストに高額の賞金首として載っており、3年間E組の生徒として殺せんせーを排除することに成功すれば卒業できる。こうして、謎めいた教師を巡る危険に満ちた日常が繰り広げられる。