最初のシーズンの最後のエピソードで、マイク（ウェントワース・ミラー）とリンカーン（ドミニク・パーセル）がギャングのボス、アルブルッツィが送った飛行機が駐機している場所に駆けつけたとき、パイロットは安全上の懸念から彼らを待たずに出発した。脱獄囚たちは空を眺めてため息をつくことしかできず、脱獄生活を始めた。逃亡者を追うFBI上級捜査官のマホーンは、副大統領の認可を受けて捕獲チームの責任者となり、逃亡者を一人ずつ倒していくことにした。一方、サラの父親はリンカーン事件のせいで沈黙しており、副大統領の部下であるケラーマンがリンカーンの息子LJを捕らえに行き、彼を人質として利用する準備をしていたとき、彼女はマイクを信じるようになり、父親の所持品から手がかりを得た。 LJの家族、しかしLJは誤って逃亡し、リンカーンを助けていた弁護士はますます多くの手がかりを手に入れました...すべての陰謀が徐々に明らかになっているように見えました。