突然強力な邪悪な力が地球に致命的な脅威をもたらします。これに単独で抵抗できるスーパーヒーローはいません。長年にわたって世界の安全を守ることに尽力してきたSHIELDは不意を突かれ、その司令官である「隻眼の男」ニック・フューリー（サミュエル・L・ジャクソン）は、同盟を通じてのみ史上「最強」を生み出さなければならないことに気づいた。さまざまな組織を結成し、各界からスーパーヒーローを集めて自分たちの力を誇示することで、世界を悲惨な状況から救い、闇の勢力の侵略に抵抗できるでしょうか。つまり、6人のスーパーヒーロー - 「アイアンマン」（ロバート・ダウニー・ジュニア演じる）、「ソー」（クリス・ヘムズワース演じる）、「キャプテン・アメリカ」（クリス・エヴァンス演じる）、「リベンジ」（クリス・エヴァンス演じる）、ハルク』（マーク・ラファロ）、『ブラック・ウィドウ』（スカーレット・ヨハンソン）、『ホークアイ』（ジェレミー・レナー） 「教授同盟」が誕生した。彼らはそれぞれが持つ魔法の力を発揮して一つになり、最終的に悪の勢力を打ち破り、地球の安全を確保しました。