太平洋に墜落したUFOの調査をしていた海上自衛隊の有馬貴文2尉（大澄賢也）は、突如青い光に遭遇し、発光体の影響で遺伝子規格が劣化してしまい……。凶悪な怪物ザワン。その後、彼（THEONE）は防衛庁の特殊機関であるBCST（生物工学研究所）の監視から逃れ、以来声を失ってしまった。一方、航空自衛隊のF15Jパイロット・牧俊一（別所哲也）は、先天性疾患を持つ息子・つむぎとの時間を増やすため、官職を辞任することを決意した。最後の飛行中、マキは空中で「赤い発光体」と遭遇した。これは、ある事件から3か月後に起こった出来事です。しかし、奇跡的に命を取り留めたマキは、民間航空パイロットに転職し、新たな人生を歩み始めた。一部の機関はこのようなマキを非常に懸念しており、特にBCSTの化学担当官である水原サラはマキを強制的に連れ去り、廃工場に建てられたBCST研究所で身体監視を行った。この時、行方不明だった怪物THEONEが何かに惹かれたかのように戻ってきた。 THEONEの攻撃を受け瀕死の状態だったマキだったが、赤い光球の力で身体が変化し変身する！銀色の光と、時折自らの意思で身長10Mの鋼鉄の肉体に変身したマキは、THEONEとの戦いを開始するが、不完全な変身のためエネルギーの消耗が早く、決定打を受けた後にマキ・シュンに戻ってしまう。打撃の1種類。そしてシャロはTHEONEの次に現れた生命体を「THENEXT」と名付けた。東京からBCST研究所に護送される途中、マキさんは息子のジメンさんが入院したことを知り、病院に到着した後、妻のロンジーさんと再会した。その時、様々な生物を体内に取り込み変異した「THEONE」が復活し、ジュン・ユーランの口から放たれる超火力弾によって街が焼き尽くされる。人格が「THEONE」にすり替えられ、人間の状態に戻れなくなってしまった。しかし、過去に水原サラと婚約していた悲しみの夫婦、マキはサラとの思い出のため、息子ジメンとの契約のため、そして愛する家族を守るために再び変身する。その姿勢はさらに進化し、全長40メートルに達し、間接部分にはにじみ出る赤色が施され、両肘にはエルボーナイフが施された特徴的な外観となっている。今、新宿都心を舞台に、ULTRAMANと「THEONE」の決戦の火が燃え上がる！