物語の舞台は冷戦下の1963年で、口のきけない女性エリサ（サリー・ホーキンス）は政府の研究所で清掃員として働いていた。幼い頃、エリサは重い病気で声を失い、それ以来、彼女の友人は老画家（リチャード・ジェンキンス）とその同僚だけでした。ある日、研究室に厳重警報が鳴り響き、水の入った謎の瓶が持ち込まれた。アリッサはその瓶の中に半分人間、半分魚の奇妙な生き物が入っていることにショックを受ける。リチャード（マイケル・シャノン）の指導の下、科学者チームはこの怪物から生物兵器を製造できる物質を抽出しようと考えていたが、アリッサの目にはそれは自分と同じ孤独な怪物にすぎなかった。時間が経つにつれて、エルサと怪物の間に感情が芽生えてきました。