エイリアンの侵略と戦い、ワームホールの封鎖に成功してから10年後、人類は遺跡から立ち上がった。彼らは恐怖を忘れてカーニバルに耽溺し、その中にはステック・ペンテコスト将軍の息子ジャック（ジョン・ボイエガ演じる）も含まれていた。放棄されたメカの部品を盗む過程で、偶然、一人でミニメカを組み立てる少女アマラ（カイリー・スペイニー）と出会う。その後、ジャックとアマラ・モユランは妹の森麻子（菊池凛子）の計らいで基地でメカパイロットとしての訓練を受けることになる。同時に、上海に本拠を置くショー・グループは、シャオ・リーウェン総統（ジン・ティエン演じる）の後援の下、従来のメカをドローンに置き換えることに取り組んでいる。この重大な瞬間に、リベンジワンダラーによく似た黒いメカが突然現れ、容赦なく人間を殺し始めました。人々は、遠く離れた異星人の「先駆者」がまだ移動の準備ができており、地球上の人々を一掃する機会を常に待っていることを発見しました...