オートボットとディセプティコンの間の継続的な戦争は、地球に多大な被害をもたらしました。この目的のために、地球上のすべての国は、トランスフォーマーが善であるか悪であるかに関係なく、トランスフォーマーを殺すための対応部隊を共同で設立しました。オプティマス・プライムと密接な関係にある地球人のケイド・イーグル（マーク・ウォールバーグ）は、周囲の反対や政府からの圧力にもかかわらず、独力でバンブルビー、グリムロック、その他のオートボットにサービスを提供する。彼は偶然バッジを手に入れ、それが自分自身に危機をもたらした。行方不明になったオプティマス・プライムはサイバトロンに戻り、トランスフォーマーの創始者であるクインテッサによって捕らえられ黒くされ、スプリーム・セプターを見つけて地球を破壊し、サイバトロンを復活させるために地球に戻るよう命じられた。同時に、メガトロンと地球政府は、ケイドとその仲間たちを共同で追跡することに合意に達しました。彼らの目標は、かつて魔法使いマーリンが所有していた王笏でもありました。地球の本当の危機がついに到来…。