南の島での高岡との決闘を経て、3年E組のみんなと殺せんせー（CV：福山潤）の関係はより親密になった。暗殺活動は今も続いているが、教師と生徒の間の交流や楽しみの重要な部分となっているようだ。茅野カエデ（CV：洲崎綾）を代表とする生徒たちは、さらに刺激的な暗殺の罠を計画し始める。さらに、彼らはヒキ先生 (声: 伊藤静) がユイ・チェン (声: 杉田智和) を追うのを手伝ったり、A クラスのエリートたちと名誉と尊厳の戦いを開始するために剣を研いだりします。一方、シロ先生の導きで堀部一智（声：緒方恵美）が逆転を果たし、謎の死神がE組を危険な状況に追い込む。締め切りが日に日に近づくにつれ、殺せんせーと生徒たちの関係はますます微妙になっていき… この映画は、松井優征の超人気漫画を映画化したものです。