物語は1820年の冬に起こります。エセックス号という捕鯨船が広大な南太平洋を航行していましたが、乗組員全員が予想していなかった事は、この時船底に高いIQと知能を持ったクジラが潜んでいたことでした。強い復讐心を抱いたクジラは復讐計画を実行する準備を進めていた。すぐに、捕鯨船は繰り返しクジラに襲われ、巨大なクジラの衝撃で壊れやすい船体はすぐに砕け散り、乗組員は重傷を負いました。一等航海士アーヴィング（クリス・ヘムズワース）、乗組員ニッカーソン（トム・ホランド）、マシュー（キリアン・マーフィー）ら生存者グループ。小型ボートで広大な海を90日間漂流した。この90日間、船内ではこの世の地獄のような場面が交代で上演された。