迷路からの脱出と終末ゾンビという生死の試練を経験した後、トーマス (ディラン・オブライエン) 率いる森林戦士たちは、ついに善と悪の最後の戦いを迎えました。トーマスやニュート（トーマス・サングスター）ら率いる救助チームは、誘拐されたミノの救出を3年かけて計画したが、ひょんなことからハイジャックされた列車にミノが乗っていないことが判明した。調査の結果、ミノがWCKD組織の深い支配下にあることが分かり、トーマスとニュートは人類最後の浄土「ラストシティ」へ行くことを決意し、トレイを利用することを躊躇しなかった。森の戦士たちを裏切ってWCKDに加わったシャ（カヤ・スコデラリオ演じる）がWCKDに侵入し、ミノらを救出する。