ある夜、東都大学付属病院に頭部損傷を負った謎の男が緊急入院し、当直の脳外科医師・南方蓮（演：大沢たかお）は手術から目覚め、無事手術を終えた。不可解に逃げた。追跡中にレンは階段から落ちて昏睡状態に陥り、再び目が覚めると、ナベ頭の戦士たちが戦っている森の中にいた。時代劇の撮影中の仁に危険が迫ったと思われたが、幸いにも若侍・立花京太郎（小出恵介）に助けられる。蓮は負傷した京太郎を追って立花の家まで戻り、極めて簡単な条件で京太郎の手術を行った。作戦の一部始終を目撃した京太郎の妹・立花咲（綾瀬はるか）は深く感動し、仁に強い興味を抱く。翌朝、仁は咲から衝撃の事実を聞かされる――実は自分が幕末の江戸時代にタイムスリップしていたのだ！それ以来、巨大な歴史的構図が徐々に明らかになってきました。仁の医院での波瀾万丈と、独立後の医療事件の数々を主軸に、坂本龍馬、勝海舟、緒方洪庵、新選組といった人物・組織が総登場するだけでなく、仁も現代で出会った美しい花魁・野風（中谷美紀）の婚約者。運命の魔術を痛感する仁は、江戸に現代の医療技術を導入しようとする一方、歴史の激流の中で人々の運命を逆転させるために奔走していた。このドラマは日本の漫画家村上紀香氏の同名傑作漫画を原作としており、最終回のテレビ版も2011年に放送されました。