物語の舞台はインターネットが発達した都市「DENCITY」。そこは、巨大企業「SOL Technology」が高度なネットワーク技術を駆使して構築したVR空間「LINKVRAINS」。そのVR空間で新たな決闘を体験することに人々は熱狂する。しかし『LINKVRAINS』では、決闘を利用してハッキング活動を行う謎のハッカー集団「ハノイの騎士」が登場する。そして彼らの目的は、インターネットのどこかに存在する「AI世界＝電子世界」を破壊すること。しかし、世界がこのように危機に瀕したとき、一人のデュエリストが立ち上がった。そして彼の名は「Playmaker」。その伝説の戦いで「Playmaker」は圧倒的な決闘で「灰ノ院騎士団」を破り、「SOL技術部」と「灰ノ院騎士団」双方が捕獲を望んでいた謎のAIの捕獲に成功した。かつて世界を救ったが、忽然と姿を消し、その名は瞬く間に有名となり、インターネットの世界で伝説となった。そして今、『Playmaker』の正体であるとある高校生・藤木遊作は、過去に起きた事件の真相を探るため、『』に再び現れた『丙院騎士団』の追跡を開始した。 VRAINS』……これを機に、運命の歯車が廻る……謎のAIの正体、『灰ノ院騎士団』が『リンクヴレイン』を狙う目的、そして隠された真実遊作の過去…全ての答えは『LinkVrains』にある