警察が未確認生命体対策として開発したG3システムは、未確認生命体第4号・仮面超人コウガの力を元に設計されたもので、設置者は誠実だが少々乱暴な警察官である。警察の別の部署が無人島で古代文明を発見し、解読した。未確認生命体が再び現れ、G3すら歯が立たなかったとき、記憶喪失の青年・津上翔一が変身した謎の黄金の仮面ライダーヤジトが現れ、当初はG3の制御に失敗して襲い掛かった。 。翔一は一時的に三杉良彦の家に滞在し、超能力を持つ風谷万遊と出会い、万有は翔一の失われた記憶を探すのを手伝い、蒼井原涼と出会う。リョウは父の遺品の中からメモ帳を発見するが、そこに記されていた名前は誰も知らない。父の死因を調べた結果、彼がもう一人の仮面スーパーマン・五十路であることを知る。 Ji Lao Shiは不完全なYajituoであるため、LiangがJi Lao Shiに変身すると、死後の証拠が存在します。一度は危機に瀕したが、幸運にも超古代文明の遺伝子から生まれた青年によって救われた。その後現れた未確認生命体を翔一、涼、真琴が次々と撃破していく。その後、梁は自分のガールフレンドがヤジトゥオに殺されたと誤解し、ジルオとヤジトゥオの間に対立が生じた。そして、ヤジトゥオがG3を何度も救ったため、G3はイソラに対処するために戦闘グループに加わりました。残念ながら、G3 は Yajituo と協力しましたが、Islaji を倒すことができませんでした。警察はこのより強力な武器である G3-X を発見しました。 G3-Xとヤジトゥオの協力により、ますます強力になった未確認生命体だったが、彼らも倒されてしまう。第三の仮面スーパーマンは木野カオルによって変身するが、未確認生命体への対処を優先するが、自分だけで十分だと考えているためイソラやヤジダにも対処する。その後、強化されたイソラに敗北し、リョウに救出され変身する。謎の青年は、古代に闇の力を使った創造主であることが判明し、今度は3人の仮面スーパーマンとG3に対処するために水の精霊を送りました。しかし、シャンイーはその恐怖を打ち破りました。ヤジトゥの力をさらに高め、4人の力を合わせてヤジトゥを倒す。警察とマヌユの捜査により、シャンイーの妹のムー・シュエナもヤジトゥオになっていたことが判明し、やがて他の超能力を持つ人々もヤジトゥオになることになるが、彼女の父親の死がヤギタに関係していることが判明する。項儀とは疎遠になった。このとき、闇の創造主は正一の力を取り戻すために自ら立ち上がった。彼は、これ以上ヤジタが生まれないようにするために、すべての人間を殺すことさえ決めました。彼は風、土、水の三精霊を送り込み、ここから項儀、梁、鄭の最後の戦いが始まった。