カラム・リンチ（メアリーが処刑される前にマイケル・ファスベンダーが処刑されようとしている）怒っているコティヤール）は、人類を暴力的な衝動から解放するプロジェクトに参加するために選ばれました。仮想現実マシン アニムスを使用すると、ユーザーはマシンに縛られた後、自分がスペインの異端審問中に生きていた暗殺者アギラの子孫であることに気づきました。エデンの林檎を自由意志でコントロールできるのです。父親のアレン（ジェレミー・アイアンズ）からの圧力を受けて、ソフィアはしぶしぶカラム・リンチを操作して現代世界にあるエデンの林檎の所在を探すよう操作し、彼の肉体的および精神的健康を脅かした。しかし、殺し屋仲間のムーサ（マイケル・ウィリアムズ）がカラム・リンチにほのめかし、アレンには不純な動機があるかもしれないことを思い出させた後、カラム・リンチは自分の行動と動機を再考し始め、人間の自由意志の運命も未解決となった…。