ハーベイ・デント検事（アーロン・エッカート）の死から8年間、ゴッサム・シティはゴードン保安官（ゲイリー・オールドマン）の努力のもと、犯罪行為を効果的に抑制してきた。バットマンのブルース・ウェイン（クリスチャン・ベール）はデント殺害の容疑で警察から指名手配され、ゴッサム・シティで行方不明となった。しかし、この一見平和な状態は、キャットウーマン（アン・ハサウェイ）を利用してブルースの指紋を盗むテロリスト・ベイン（トム・ハーディ）の出現によって破られ、ウェイン・グループは破産の危機に陥り、ブルースは取締役から追放されてしまう。ウェイン・グループが投資したエネルギープロジェクトが悪者によって核爆弾製造に利用されないようにするため、ブルースはミランダ（マリオン・コティヤール）が取締役会長になるよう手助けする。ベインが綿密に設計した次の一連の計画により、ゴッサム・シティは孤立状態に陥り、破滅の日が目前に迫っている。ゴッサムを救うという重責を再び担うことになったブルースだったが、近親者の執事アルフレッドの辞任と退任、キャットウーマンの裏切り、ベインの残忍な手口、そして明らかになった恋人ミラダの素顔により、彼の行動は一変する。ゴッサムを救うなんて無理だ…