コナンや小五郎らはチームを率いて、休暇のため太平洋に浮かぶ美しい島「神界島」へ訪れた。この島には、海底に沈んだ古代遺跡「海底宮殿」や、300年前に二人の女海賊が残した財宝の伝説などが古くから噂されている。シャオランとユアンツィは、噂を恐れずに「海底宮殿」の近くでダイビングをしていたところ、宝物を探している大勢のハンターのグループに遭遇しました。シャオランとユアンジーは幸運にも逃げ出すことができたが、コナンはハンターの変死を目撃し、ハイユアンとともに捜査を開始した。コナンは、ハンターの死が秘宝伝説に深く関係していると考え、その原因を探ろうとした。謎の用語「ジョリー・ロジャー（海賊旗）」を見つけ、少しずつ元気になってきたかと思いきや、突如ハンターが現れ、発見したお宝を盗まれてしまう！シャオランとユアンジは狩人の手に落ち、命の危険にさらされます。伝説に隠されたメッセージとは？ 「海底宮殿」の秘密とは？ 300年の時を超える暗号、コナンは徐々に謎を解くと誓う