1960 年代で最も傑出したエージェントであるオースティン (マイク マイヤーズ演じる) は、世界を救うために何度も「ドクター イービル」(マイク マイヤーズ演じる) を倒すスーパーヒーローです。ドクター・イービルは、いつか再び戦えるよう、宇宙空間で自らを冷凍する。オースティンもそれに倣い、自らも凍りついた。 30 年後、NASA は UFO が地球に向かって飛行していることを発見しました。ドクター・イービルが帰ってきた。米国秘密情報局はただちにスティングを解凍し、悪を倒すというあらゆる希望を彼に託した。しかし、30 年間の変化にエージェントは不意を突かれました。テクノロジーの発展とトレンドの変化により、オースティンの行動はすべてジョークになりました。美しい助手のヴァネッサ・ケンジントン (エリザベス・ハーレー演じる) がオースティンの仕事を完了させるために名乗り出ましたが、予想外に、助けが増えれば増えるほど、混乱はさらに大きくなっていきました。 30年遅れた最後の戦いは無意味なパフォーマンスになってしまったが、オースティンは30年前と同じようにドクター・イービルを倒し、地球を救うことができるだろうか？