等価交換の原理に基づいた科学である錬金術は、物質を理解し、分解し、再構築し、あるアイテムを別のアイテムに変換します。しかし、錬金術において絶対的な禁忌である人体の精製には、そのような高度な技術を使用することはできません。しかし、極めて高い錬金術の才能を持つエドワード（声：パク・ルミ）とアルフォンス（声：釘宮理恵）の兄弟は、母に会いたいあまりに禁忌を犯すことを厭わない。最後の代償として、エドワードは腕と足を失い、弟のアルフォンスは巨大な鎧に魂を宿すことしかできませんでした。ついにすべてを理解した二人は、本来の姿を取り戻すため、さらなる錬金術の知識を求め、国家錬金術師となり、究極の錬金術アイテム「賢者の石」を探す旅に出た。継続的な探検の中で、二人の兄弟はついに賢者の石の背後にある真実を発見し、彼らが住んでいた軍事化された国についてより深い理解を得ることができました。このとき、国、国家、家族と向き合って…錬金術の未来はどこにあるのか？