世界を襲った大災害「セカンドインパクト」後、世界は廃墟の上に再建された。 14歳の少年・碇シンジは、父・碇ゲントによって第3新東京市に呼び出される。父親が出迎えてくれるかと思いきや、目の前で目にしたのは「使徒」と呼ばれる巨大な生物が軍と銃撃戦を繰り広げていた。危機の中、特務機関ネルフの葛城ミサトがシンジを救出し、碇ゲント率いるネルフ本部へ連行される。しかしシンジを待ち受けていたのは、巨大人型ロボット“エヴァ”を駆り立てて使徒と戦えという父からの冷酷な命令だった。すでに拒否していたシンジは、重傷を負った代役運転手の綾波レイを見て、父の命令に従うことを決意する。こうして、戦闘訓練を受けたことのないシンジは、エヴァ初号機を駆って使徒たちと対峙する準備を整える。襲来を続ける使徒、正体不明の綾波レイ、ドイツから来た操縦者惣流・アスカ・ラングレーら、14歳の少年は自らの能力を遥かに超える試練に立ち向かう。しかし全てを冷静に観察していた碇元都は、彼の計画通りに「人類完成計画」と呼ばれる謎の計画を実現させようとしていた。