異星人と地球人が共生する時代。異星移民による抑圧と支配のもと、数世紀にわたって受け継がれてきた武士道精神は衰退しつつも、その退廃的な風潮の中で、未だに存在する人々が存在する。黙って原則と正義に従う人たち。貧しい家に生まれた青年・志村新八（菅田将暉）は、ある事故でマスターハウスの主人・坂田銀時（小栗旬）と少女・神楽（橋本環奈）と出会い、友人となる。 。共通の友人である桂小太郎（岡田将生）が理由もなく失踪し、捜査の結果、岡田四三（新井浩文）という男と「紅英」という名の鬼包丁が浮上した。岡田四三は、元反蛮族の英雄ガオ・シャン・シンスケ（堂本剛）の部下で、この堕落した世界を憎み、破壊しようとしていた。紅英の勢力がますます強まるにつれ、江戸全体はますます濃い雲に覆われていく。