ロンドンから遠く離れたイギリスの田舎で、ピーターラビット（声：ジェームズ・コーデン）は家族や友人たちと幸せな生活を送っていたが、もちろん、自由な土地に侵入して父親を殺した隣人のマクレガー氏は例外だった。ピーターラビットは毎日マクレガーの庭に侵入して果物や野菜を盗み、この頑固で残酷な老人と決闘します。しかしある日、マクレガーは突然亡くなった。幸せなウサギたちは田舎から野生動物を連れてきて、空き家に侵入して飲食をし、ウサギたちを不快にさせました。しかし、楽しい時代は長くは続かず、ロンドンで働くエリートだったマクレガーの甥のトーマス（ドーナル・グリーソン）が職を失い、たまたま田舎にあるこの家を継ぐことになった。田舎にやって来たトーマスは容赦なく野生動物を追い出しましたが、ピーターラビットたちは自分たちの土地を取り戻すことを忘れませんでした…。