あれから5年が経ちました。アマゾンはほぼ追放され、世界は平和になります。しかし、アマゾン細胞に感染した一般人がアマゾン化する現象は拡大の一途をたどり、政府はアマゾン化した人間を秘密裏に追放する新組織4Cを設立した。その中で、幼少期にアマゾンに育てられた少年チェンイーは、アマゾンと戦うために仮面ライダーアマゾンネオに変身する。しかし、生来の人を食べたい衝動に駆られる彼の前に現れたのは、カラスアマゾンに変身し生物兵器として戦う少女、ユウだった。初めて優をこのように食べたいという欲求がなくなり、彼女に惹かれた。ユウの正体はアマゾン化した父親に殺され、シグマ型として復活したアマゾンである。