平凡な中学生の四鎌まどか（CV：悠木碧）は幸せな家庭を持ち、心優しく思いやりのある性格の良い子です。転校生の暁ほむら（声：斎藤千和）の出現により、まどかの平穏な生活は崩れ去る。クールで、か弱く、まっすぐで、真っ直ぐなこの少女は、まどかには何か言い表せない何かを抱えているようだ。道端で傷だらけの奇妙な動物をまどかが助けたとき、その動物はなんと人間の言葉を話すことができた。それはまどかに自分の名前がキュゥべえ（声：加藤秀美）であることを告げ、まどかと契約して魔法少女になってほしいと願った。魔法少女はこの世界において魔女と戦うという使命を背負った特別な存在で、その報酬としてどんな願いも叶えてくれる。戦いの最中、まどかは魔法少女という職業が物語で描かれているほど美しくなく、いつでも犠牲になる可能性があることを知りました。そして、戦いが激化するにつれ、彼女自身に関する残酷な真実が徐々に明らかになる。